然而，胜利的喜悦转瞬即逝，新的危机接踵而至：
程宇的盖亚 AI 在排查舰内叛徒时，发现了一个惊人的事实：“陈默，星巡者号的 AI 系统被超维叛徒后裔植入了‘潜伏程序’！程序藏在底层逻辑区，与星穹之心的激活程序深度绑定，一旦激活进度达到 90%，程序就会自动启动，切断星穹三件套与星穹之心的能量连接，同时将星穹之心的激活数据传输给超维主宰！而且程序已与超维母舰的核心舱建立了能量共鸣，我们无法强行清除，否则会引发星穹之心的能量暴走！”
陈星瑶的灵能感知到潜伏程序的位置，小脸上满是焦急：“爸爸，潜伏程序的‘意识’与超维主宰同源！它在‘等待’激活节点，而且我能‘感知’到，叛徒后裔就在星巡者号的能量舱附近，他们在远程操控程序，一旦我们试图干扰，就会立刻启动程序！”
与此同时，单星璇的医疗舱传来紧急消息：“陈默，被救援的三名船员体内的双属性侵蚀体发生变异！它们没有被中和剂彻底清除，反而吸收了中和剂的能量，形成了‘侵蚀孢子’，正在通过医疗舱的通风系统扩散！舰内已有 10 名船员感染，出现轻微的结晶化症状！叶知秋博士的中和剂需要重新调整，但需要星瑶的双灵能样本，而她现在无法分心！”
外部战场，超维主宰的反击异常猛烈：“愚蠢的蝼蚁，你们以为这样就能阻止我？” 超维主宰的声音通过超维能量波传遍整个星域，超维母舰的舰体表面展开巨大的超维翅膀，暗紫色的能量流汇聚，超维寂灭炮的炮口再次亮起，这次的能量强度是之前的 2 倍，“接受毁灭吧！”
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一道巨大的暗紫色能量束射向星巡者号，目标直指星穹之心的激活接口。陈默操控星巡者号快速闪避，能量束击中星巡者号的尾部，尾部护盾瞬间崩溃，引擎舱受损，星巡者号的速度下降 50%。“引擎舱受损！推进系统故障！我们无法再进行高速闪避！” 副舰长的声音带着绝望。
晶体文明的屏障彻底崩溃，超维突击舰突破防线，朝着星巡者号的侧舷发起攻击，星巡者号的右舷护盾能量降至 8%，舰体表面出现更多的裂痕。雷昂的黄金舰队和苏晴的双子座舰队全力支援，但无法阻止超维舰队的攻势，新联盟的舰队损失持续扩大。
就在这千钧一发之际，星雾游牧族的卡娅族长做出了最后的牺牲：“陈默总司令，为了新联盟，为了正维度的未来！” 她下令启动星雾舰队的自爆程序，银白色的星雾跃迁舰群朝着超维突击舰冲去，自爆产生的星雾能量形成一道巨大的能量屏障，暂时挡住了超维舰队的攻击，为星巡者号争取了宝贵的时间。“请保护好星穹空间能量结晶的残余能量，它能帮你们开启跨维通道……” 卡娅族长的声音逐渐消散在通讯频道中。
陈默看着屏幕上星雾舰队自爆的画面，眼中闪过一丝悲痛，但更多的是坚定：“程宇，有没有办法利用潜伏程序的能量共鸣，反向定位叛徒后裔的位置？星瑶，尝试用双灵能引导星穹之心的本源能量，同时压制污染和侵蚀孢子！星宇，用空间灵能构建多层防御屏障，抵御下一波超维寂灭炮攻击！”
程宇的盖亚 AI 快速运算，屏幕上出现一个精准的定位点：“找到了！叛徒后裔在能量舱的备用控制室！他们的能量信号与潜伏程序完全同步！我们可以用星穹符文的能量干扰他们的操控，为清除程序创造条件！”
陈星瑶的双灵能全力爆发，淡粉与淡银交织的能量流分为两股：一股注入星穹之心，冲刷熵能印记，激活进度提升至 88%；另一股顺着通风系统延伸，压制侵蚀孢子的扩散，感染船员的症状得到缓解。“爸爸，侵蚀孢子被暂时压制！但我能‘感知’到超维主宰的超维寂灭炮再次充能，预计 10 秒后发射！”
陈星宇的空间灵能构建起三道重叠的空间屏障，挡在星巡者号的前方：“空间屏障已构建完成！但只能抵御一次超维寂灭炮的攻击！”
陈默的目光锁定能量舱备用控制室的位置，下令：“程宇，启动星穹符文干扰！主炮瞄准备用控制室，清除叛徒后裔！” 淡金色的星穹符文能量与主炮能量交织，形成一道双色能量束，射向备用控制室。控制室的门被能量束击穿，里面的超维叛徒后裔被瞬间歼灭，潜伏程序失去操控，程宇的盖亚 AI 趁机清除了程序。“潜伏程序已清除！星穹之心的激活进度开始快速提升！90%、92%、95%！”
超维主宰的超维寂灭炮再次发射，暗紫色的能量束击中空间屏障，三道屏障瞬间崩溃，星巡者号的舰体剧烈震颤，舰桥的控制台大量损坏，火花四溅。但星穹之心的激活进度已达到 98%，淡金色的本源能量突破双重复合污染的束缚，与 7 个维度锚点的能量场形成完美共鸣，跨维能量调节系统开始启动，正维度、负维度、超维度的能量流逐渐趋于平衡。
“星穹之心激活成功！跨维能量调节启动！” 程宇的声音带着前所未有的兴奋，屏幕上的能量图谱显示，三大维度的能量流稳定在平衡阈值，超维母舰的超维能量被星穹之心的调节能量压制，超维寂灭炮的能量输出明显下降。
新联盟的舰队抓住这个机会，发起全面反击：雷昂的黄金舰队集中火力攻击超维母舰的受损核心舱，星环银翼分队和十二宫舰队修复防御网，苏晴的舰队补充完能源后加入攻击，晶体文明的剩余防御舰构建新的屏障。超维舰队的攻势被遏制，开始缓慢撤退。
星巡者号的舰体损伤严重：左舷能源舱重度损毁，右舷护盾濒临崩溃，引擎舱推进系统故障，三门混合能量炮失效，舰内 120 名船员受伤，其中 30 人仍处于重度侵蚀状态。但星穹之心的激活成功，为新联盟带来了决定性的优势 —— 星穹之心的跨维能量调节能压制超维能量和熵能，超维舰队的战力下降了 30%，熵之主的残留意志也被暂时压制。